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2000년 6월 16일 대한미생물학회, 대한바이러스학회, 한국균학회, 한국미생물·생명공학회, 한국미생물학회 이상 5개 학회의 회장단과 총무, 학술간사들이 모여 우리나라 미생물학계의 발전과 학술활동 능력의 국제적 제고를 위한 방안의 첫 단계로 국내의 모든 미생물학자들의 마음을 하나로 묶을 수 있는 한국미생물학회연합 창립 준비위원회를 결성하였다.

2000년 11월 17일에는 고려대학교 생명과학관 한국미생물학회연합 창립 총회를 개최하여 초대회장에 한국미생물학회연합 창립준비위원회에서 선출된 강현삼 박사를 인준하고 이어서 창립기념 심포지엄을 개최하였다..



2000. 6. 6 창립준비위원회 결성(대한미생물학회, 대한바이러스학회, 한국균학회, 한국미생물학회)
2000. 11. 17 창립총회 개최 (고려대학교, 서울)
2001. 2. 9 한국산업미생물학회 가입 (현: 한국미생물 생명공학회)
2001. 11. 2~3 2001년도 국제학술대회 개최 (고려대학교, 서울)
2002. 10. 22~23 2002년도 국제학술대회 개최 (오송바이오엑스포장, 충북 청원)
2003. 10. 24~25 2003년도 국제학술대회 개최 (연세대학교, 서울)
2004. 10. 21 "참여정부의 과학기술정책 및 미생물학 관련 연구 진흥을 위한 공청회"
2004. 10. 21~22 2004년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2004. 12 미생물학의 재도약을 위한 특별보고서 작성 "미생물학과 응용분야 발전방안에 대한 기획보고서"
2005. 6. 9 국가전략산업의 미생물BT의 진흥정책 대토론회 개최
2005. 10. 13~14 2005년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2006. 10. 19~20 2006년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2007. 10. 11~12 2007년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2008. 8. 4 IUMS 에 한국 National Committee 로 등록
2008. 10. 16~17 2008년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2009. 10. 22~23 2009년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2010. 10. 14~15 2010년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2011. 10. 13~14 2011년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2012. 10. 11~12 2012년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2013. 10. 17~18 2013년도 국제학술대회 개최 (서울교육문화회관, 서울)
2014. 10. 30~31 2014년도 국제학술대회 개최 (킨텍스 제1전시장, 일산)
2015. 11. 5~6 2015년도 국제학술대회 개최 (킨텍스 제1전시장, 일산)
2016. 11. 3~4 2016년도 국제학술대회 개최 (킨텍스 제1전시장, 일산)


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